Le docteur Agasa est à la fois un très bon ami de Shinichi et un grand scientifique. Il a crée pour Shinichi toute une gamme de gadgets qui lui permettent de compenser sa petite taille : montre à projectile hypodermique, nœud papillon à modulateur de voix... (Voir section gadgets).
C'est la première personne à qui Shinichi se confie lorsqu'il a des informations sur l'Organisation. C'est aussi lui qui héberge Aï Haibara, l'ancienne membre de l'Organisation. Avec les Detective Boys, le docteur Agasa aime proposer des énigmes à résoudre, les emmener faire du camping, d'ailleurs ces sorties se terminent presque toujours par un meurtre... Concernant son enfance, une histoire lui est consacrée, dans l'œuvre : on sait qu'il était dans le même établissement scolaire que Shinichi et les Detective Boys, l'établissement Teitan, et que là, il a rencontré son premier amour : une jeune métisse américano-japonaise qui est devenue créatrice d'une grande marque dont le symbole est une feuille de gingkos...