Kaito Kuroba est un lycéen tout ce qu'il y a de plus ordinaire, ou presque. Son père, Toichi, était un célèbre magicien ; il est décédé dans un accident, lors de son dernier spectacle. Un jour, Kaito découvre, chez lui, un passage secret qui le met dans une étrange pièce. Il apprend que son père n'était autre que le célèbre Kaitô Kid, le magicien voleur.
Dès lors, Kaito décide de poursuivre le travail de son père. Il endosse le costume de Kaito Kid et vole les objets précieux. Il rencontre l'ancien majordome de son père, Jii Konosuke, qui lui apprend que celui-ci ne serait pas mort dans un accident. Kaito décide donc de retrouver la vérité, au risque de se mesurer à une puissante organisation criminelle sans scrupule...